自己免疫疾患は、体の免疫系が誤って健康な体組織を攻撃して破壊すると発生します。これは特定の器官に限定される場合もあり（自己免疫性甲状腺炎など）、さまざまな場所の特定の組織が関与する場合もあります。自己免疫疾患の治療は通常、免疫抑制、つまり免疫反応を低下させる薬物療法を使用します。多数の自己免疫疾患が認識されている。自己免疫疾患の根底にある病態生理学についての主な理解は、ゲノムワイド関連スキャンの適用であり、自己免疫疾患間の顕著な程度の遺伝的共有が同定された。
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